La chiesa, oggi sotto il titolo della Santissima Annunziata, è stata eretta nel 1197 con la denominazione di Santa Maria della Carnara. Nelle sue adiacenze è ubicabile il sito di svolgimento del Panaro dell’Annunziata, fiera istituita da Federico II nel 1220. Persistenza della chiesa medievale è stata considerata la volta della cappella del Crocifisso, del 1558, affrescata con le immagini dei quattro evangelisti e dei dottori della Chiesa, tra i quali san Gregorio Magno e sant’Ambrogio. Nel 1499 il pontefice Alessandro VI sancisce l’atto di fondazione della dimora minoritica di Ostuni; la civica amministrazione si assumeva l’onere di costruire presso la concessa chiesa della Santissima Annunziata il convento su suolo donato dalla famiglia Palmieri. La chiesa fu ricostruita nel XVI secolo sotto il vescovo Francesco de Rizzardis, unitamente al convento dei Minori Osservanti Francescani. Il tempio si sviluppò su pianta basilicale, diviso in tre navate, privo di crociera, col prospetto verso ovest. La facciata sorge allineata col convento e il chiostro quadrato dei primi del XVI secolo; monocuspidata, ha un piccolo portale sormontato da una lunetta su cui aggetta lo stemma civico di Ostuni.

Questi massicci interventi si possono pensare conclusi, nell’essenziale, intorno al 1560; si erano protratti a lungo perché se nel 1525 un’epigrafe in sito informa che la costruzione della cappella principale era in quell’anno terminata, per le altre occorrerà attendere ben oltre la metà del XVI secolo. Persistenza di questa fase sono da considerarsi i pannelli del coro cinquecentesco, scolpiti in legno e laccati, con rappresentazione dell’Annunciazione e dei santi Antonio da Padova e Francesco d’Assisi, utilizzati per formare il paliotto del recente altar maggiore. Notissima è la Deposizione, attribuita a Paolo Caliari detto il Veronese, realizzata il 1574. Alla fase in cui la chiesa era dell’Osservanza, ossia al XVI secolo, vanno pure riferiti il bassorilievo in pietra che riproduce la Risurrezione di Cristo e la statua pitrea di San Marco Evangelista. Seguirono interventi sulla chiesa; già nella prima metà del ‘600 innalzarono ex novo la sagrestia, la sala del coro superiore e, al piano terra, un secondo vano denominato Oratorio. Sulla vecchia sagrestia , trasformata in coro inferiore, i religiosi costruirono l’ampia sala del coro superiore o di notte. Questa prima parte di lavori può ritenersi completata il 1668 quando il guardiano p. Teodoro da Cassano Murge fece consacrare tempio e altare da Carlo Personé, vescovo di Ostuni. Altre modifiche intervennero nel secolo successivo; nel 1753 fu chiesto il permesso alla Santa Sede di dotare la chiesa di un organo, nel 1782 le superfici murarie interne furono coperte da nuovi intonaci, le colonne trasformate in pilastri, il vano centrale fu cinto da un cornicione. Si realizzarono allora gli altari in pietra gentile fra cui il maggiore con le statue di San Marco Evangelista e San Francesco Solano, a opera dello scultore ostunese Giuseppe Greco cui si deve la guglia di Sant’Oronzo innalzata fra il 1669 e il 1671. I riformati arricchirono la chiesa di pregevoli opere d’arte; fra Giacomo da San Vito (+1667) è l’autore dell’Annunciazione collocata sull’altar maggiore, e dell’Adorazione dei pastori; non si sa quanto sostenibile possa essere l’attribuzione, allo stesso fra Giacomo, del San Bonaventura e del San Ludovico da Tolosa che sono sulla controfacciata. Copia di un’opera del molfettese Corrado Giaquinto, eseguita forse dalla bottega di Domenico Carella, deve ritenersi la Natività di Maria collocata sulla destra del presbiterio.

Nel coro inferiore, oggi sagrestia, sono i dipinti parietali eseguiti da Barnaba Zizzi il 1785; si tratta di un’Ultima Cena e de l’Incoronazione di spine, la Terza caduta di Gesù, la Crocifissione, Gesù innanzi a Caifa, Gesù innanzi a Pilato, laFlagellazione. Notevole è il tabernacolo dell’altar maggiore, intagliato da fr. Giuseppe da Soleto (+1667); anonimi legnaiuoli riformati elaborarono il retablo dell’altare di San Francesco d’Assisi. Frate Angelo da Pietrafitta (+1699) è autore del calvario francescano, composto dal Crocefisso e dalle statue di Maria Addolorata e San Giovanni. Fra gli argenti è da segnalare l’ostensorio, con puttino trionfante a tutto tondo che regge la teca con la testa, realizzato in Napoli nella seconda metà del diciottesimo secolo. La chiesa, elevata a parrocchia il 1919 per decisione già assunta il 1915, rimarrà affidata, in successione, ai parroci don Giovanni Antelmi, don Vincenzo Marseglia, don Pietro Calamo e, dopo due anni di amministrazione parrocchiale da parte di mons. Cosimo Palma, all’attuale parroco don Giovanni Apollinare.